home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00293 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  41 lines
  1. ***************************************************
  2. * Hemolysin-type calcium-binding region signature *
  3. ***************************************************
  4.  
  5. Gram-negative bacteria  produce  a  number of proteins which are secreted into
  6. the growth medium by a mechanism that  does  not  require a cleaved N-terminal
  7. signal sequence. These proteins, while having different functions, seem [1] to
  8. share two properties: they bind calcium  and they contain a variable number of
  9. tandem repeats consisting of a nine amino acid motif rich in glycine, aspartic
  10. acid and asparagine. It has been shown [2] that such  a  domain is involved in
  11. the binding of calcium ions in a parallel beta roll structure.    The proteins
  12. which are currently known to belong to this category are:
  13.  
  14.  - Hemolysins from  various  species  of bacteria.   Bacterial  hemolysins are
  15.    exotoxins that attack blood  cell  membranes  and cause  cell rupture.  The
  16.    hemolysins which are known to contain such a domain are those from: E. coli
  17.    (gene hlyA),   A. pleuropneumoniae  (gene appA),   A. actinomycetemcomitans
  18.    and P. haemolytica (leukotoxin) (gene lktA).
  19.  - Cyclolysin from Bordetella pertussis (gene cyaA). A multifunctional protein
  20.    which is both an adenylate cyclase and a hemolysin.
  21.  - Extracellular zinc proteases: serralysin (EC 3.4.24.40) from Serratia, prtB
  22.    and prtC from Erwinia chrysanthemi and aprA from Pseudomonas aeruginosa.
  23.  - Nodulation protein nodO from Rhizobium leguminasorum.
  24.  
  25. We derived a signature pattern from conserved positions in the sequence of the
  26. calcium-binding domain.
  27.  
  28. -Consensus pattern: D-x-[LI]-x(4)-G-x-D-x-[LI]-x-G-G-x(3)-D
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31.  
  32. -Note: this pattern  is found once in nodO and the extracellular proteases but
  33.  up to 5 times in some hemolysin/cyclolysins.
  34.  
  35. -Last update: October 1993 / Text revised.
  36.  
  37. [ 1] Economou A., Hamilton W.D.O., Johnston A.W.B., Downie J.A.
  38.      EMBO J. 9:349-354(1990).
  39. [ 2] Baumann U., Wu S., Flaherty K.M., McKay D.B.
  40.      EMBO J. 12:3357-3364(1993).
  41.